C'era onore nei Covenant una volta,e ci sarà di nuovo
~ Rtas Vadum'
L'Arbiter Thel'Vadamee, capo degli Elite separisti,che uccide un brute con la sua lama energetica
Quando scoppiò la guerra civile Covenant si formarono due fazioni: i Covenant Lealisti, guidati dai Profeti, alleati con Brute, Jackal e Droni, e i Covenant Separatisti per lo più costituiti da Elite, benchè all'inizio i Grunt fossero dalla parte degli Elite e buona parte dei cacciatori fecero lo stesso.
Allo scoppio delle ostilità gli Imperial Admiral nominarono l'Arbiter alla guida della rivolta. In seguito i Separatisti strinsero un'alleanza con l'UNSC, poichè scoprirono il vero uso per cui erano stati creati gli Halo. Questa alleanza fu creata per fermare dapprima l'attivazione dell'Installazione 05, e in seguito per porre fine alla guerra tra umani e Covenant. A terra sono comandati da Thel 'Vadamee mentre in orbita da Rtas 'Vadumee.
Il tutto iniziò quando il Profeta del Rimorso fu assassinato da Master Chief. Questo atto decise ai Profeti rimanenti di sostituire gli Elite con i Brute, come loro protettori, usando tale atto come giustificazione per la sostituzione; ovviamente, questo atto non fu preso tanto bene dagli Elite, che minacciarono di dimettersi dall'Alto Consiglio. Il Profeta della Verità decise poi di dare il comando delle flotte Covenant ai Brute, e allo stesso tempo ordinò agli stessi di compiere un genocidio contro gli Elite (ma travestiti da ribelli), affinchè essi fossero sterminati e i Brute prendessero il loro posto nella società Covenant. Ma ciò che accadde non era stato previsto: gli Elite risposero duramente al genocidio, scoprendo anche chi era dietro a tutto. Su Alta Operascoppiò una guerra tra Elite (supportati da alcuni Cacciatori e Grunt) e Brute; durante questa guerra, molti consiglieri Elite furono uccisi.
L'alleanza con gli umani[]
Dopo ciò, gli Elite trovarono necessario allearsi con gli umani, perciò si incontrarono su Delta Halo; la necessità di questa alleanza fu data anche dal fatto che bisognava fermare Tartarus, ormai prossimo ad attivare l'Halo. Del resto, l'UNSC era sulla difensiva ed aveva due nemici, gli stessi degli Elite: i Flood e i Covenant.
Uno scontro equo...
~ Rtas 'Vadumee dopo aver appreso di essere in inferiorità numerica all'inizio della battaglia dell'Arca
Dopo qualche attrito iniziale, le due razze iniziarono a rispettarsi; gli Elite furono spinti dall'Arbiter, mentre gli umani dovettero per forza, dato che l'andamento della guerra era tutt'altro che favorevole.
Dopo la fine della guerra Umani-Covenant, gli Elite continuarono a combattere i Brute e, benchè all'inizio furono in notevole svantaggio, alla fine, con la scomparsa dei profeti, i Brute iniziarono a retrocedere, fino alla loro sconfitta.
C'era onore nei Covenant una volta,e ci sarà di nuovo 
