Il Comandante di Flotta è un alto grado Elite. Questi Elite comandano piccole flotte e task force. Sono di grado inferiore rispetto ai Comandanti Supremi.
Non si conosce l'equivalente Brute del grado ma si sa che i Profeti possono assumere l'incarico, in quanto Rimorso comandava la task force che trovò la Terra.
Comandanti di flotta Elite noti[]
- Sesa 'Refumee: comandava una task force di Elite e Grunt dopo essere stato promosso da Ranger Elite (lui rappresenta un'eccezione, i Ranger Elite non possono salire di grado) prima di divenire il Leader degli Heretic. Deceduto.
- Rtas 'Vadum: ricopre l'incarico dopo essere promosso da Comandante Spec Ops (comandante durante Halo 3). Attivo.
- Voro Nar 'Mantakree: comandante della flotta che assalta Onyx. Deceduto.
- Luro 'Taralumee: compare in "Halo Legends The Package" ed è lui che tiene prigioniera Halsey. Probabilmente viene punito per il fallimento dell'operazione e per aver impedito al Maggiore Thel 'Lodamee di uccidere Halsey e John 117. Stato attuale sconosciuto.
L'unico comandante di flotta non Elite conosciuto è il Profeta del Rimorso, che guidò la flotta che scoprì la Terra.